A API atualmente permite o envio de notas fiscais emitidas pela empresa cadastrada em outros sistemas, além da possibilidade de fazer procedimentos com essa nota (cancelamento, Carta de Correção), vocês disponibilização a nota através de JSON e a inclui no arquivo compactado.
O mesmo ocorre para notas baixadas através do manifesto, acesso através da api (JSON) e inclusão no arquivo compactado.
Minha sugestão e solicitação é que fosse permitido o envio de notas (pelo menos no mês vigente e anterior) recebidas e que não tenha sido feito o manifesto.
Seria basicamente o que vocês já fazem com a nota fiscal recebida através do manifesto, com a diferença que a nota sera recebida através da api.